aiss
简介
faiss是为稠密向量提供高效相似度搜索和聚类的框架。由facebook AI Research研发。 具有以下特性。
下面给出一些快速链接方便查找更多内容。
github
官方文档
c++类信息
Troubleshooting
官方安装文档
安装
文档中给出来编译安装，conda等安装方式。因为公司服务器编译安装需要权限，所有我们一般使用conda的方式安装python Module。
# 更新conda
conda update conda
# 先安装mkl
conda install mkl
# faiss提供gpu和cpu版，根据服务选择
conda install faiss-cpu -c pytorch # cpu
conda install faiss-gpu -c pytorch # gpu
# 校验是否安装成功
python -c "import faiss"
Quick Start
这里先给出官方提供的demo来感受一下faiss的使用。
首先构建训练数据和测试数据
import numpy as np
d = 64 # dimension
nb = 100000 # database size
nq = 10000 # nb of queries
np.random.seed(1234) # make reproducible
xb = np.random.random((nb, d)).astype('float32')
xb[:, 0] += np.arange(nb) / 1000.
xq = np.random.random((nq, d)).astype('float32')
xq[:, 0] += np.arange(nq) / 1000.
上面我们构建了shape为[100000,64]的训练数据xb，和shape为[10000,64]的查询数据xq。
然后创建索引(Index)。faiss创建索引对向量预处理，提高查询效率。
faiss提供多种索引方法，这里选择最简单的暴力检索L2距离的索引：IndexFlatL2。
创建索引时必须指定向量的维度d。大部分索引需要训练的步骤。IndexFlatL2跳过这一步。
当索引创建好并训练(如果需要)之后，我们就可以执行add和search方法了。add方法一般添加训练时的样本，search就是寻找相似相似向量了。
一些索引可以保存整型的ID，每个向量可以指定一个ID，当查询相似向量时，会返回相似向量的ID及相似度(或距离)。如果不指定，将按照添加的顺序从0开始累加。其中IndexFlatL2不支持指定ID。
import faiss # make faiss available
index = faiss.IndexFlatL2(d) # build the index
print(index.is_trained)
index.add(xb) # add vectors to the index
print(index.ntotal)
我们有了包含向量的索引后，就可以传入搜索向量查找相似向量了。
k = 4 # we want to see 4 nearest neighbors
D, I = index.search(xq, k) # actual search
print(I[:5]) # neighbors of the 5 first queries
print(D[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
上面代码中，我们定义返回每个需要查询向量的最近4个向量。查询返回两个numpy array对象D和I。D表示与相似向量的距离(distance)，维度，I表示相似用户的ID。
我们可以得到类似于下面的结果
[[ 0 393 363 78]
[ 1 555 277 364]
[ 2 304 101 13]
[ 3 173 18 182]
[ 4 288 370 531]]
[[ 0. 7.17517328 7.2076292 7.25116253]
[ 0. 6.32356453 6.6845808 6.79994535]
[ 0. 5.79640865 6.39173603 7.28151226]
[ 0. 7.27790546 7.52798653 7.66284657]
[ 0. 6.76380348 7.29512024 7.36881447]]
加速搜索
如果需要存储的向量太多，通过暴力搜索索引IndexFlatL2速度很慢，这里介绍一种加速搜索的方法的索引IndexIVFFlat。翻译过来叫倒排文件，其实是使用K-means建立聚类中心，然后通过查询最近的聚类中心，然后比较聚类中的所有向量得到相似的向量。
创建IndexIVFFlat时需要指定一个其他的索引作为量化器(quantizer)来计算距离或相似度。
这里同使用IndexFlatL2对比，在add方法之前需要先训练。
下面简述示例中的几个参数。
faiss.METRIC_L2: faiss定义了两种衡量相似度的方法(metrics)，分别为faiss.METRIC_L2、faiss.METRIC_INNER_PRODUCT。一个是欧式距离，一个是向量内积。
nlist：聚类中心的个数
k：查找最相似的k个向量
index.nprobe：查找聚类中心的个数，默认为1个。
代码示例如下
nlist = 100 #聚类中心的个数
k = 4
quantizer = faiss.IndexFlatL2(d) # the other index
index = faiss.IndexIVFFlat(quantizer, d, nlist, faiss.METRIC_L2)
# here we specify METRIC_L2, by default it performs inner-product search
assert not index.is_trained
index.train(xb)
assert index.is_trained
index.add(xb) # add may be a bit slower as well
D, I = index.search(xq, k) # actual search
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
index.nprobe = 10 # default nprobe is 1, try a few more
D, I = index.search(xq, k)
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
减少内存
2018-02-22之后版本添加了磁盘存储inverted indexes的方式，使用可参考demo.
上面我们看到的索引IndexFlatL2和IndexIVFFlat都会全量存储所有的向量在内存中，为满足大的数据量的需求，faiss提供一种基于Product Quantizer(乘积量化)的压缩算法编码向量大小到指定的字节数。此时，存储的向量时压缩过的，查询的距离也是近似的。关于乘积量化的算法可自行搜索。
下面给出demo。类似IndexIVFFlat，这里使用的是IndexIVFPQ
nlist = 100
m = 8 # number of bytes per vector
k = 4
quantizer = faiss.IndexFlatL2(d) # this remains the same
index = faiss.IndexIVFPQ(quantizer, d, nlist, m, 8)
# 8 specifies that each sub-vector is encoded as 8 bits
index.train(xb)
index.add(xb)
D, I = index.search(xb[:5], k) # sanity check
print(I)
print(D)
index.nprobe = 10 # make comparable with experiment above
D, I = index.search(xq, k) # search
print(I[-5:])
之前我们定义的维度为d = 64，向量的数据类型为float32。这里压缩成了8个字节。所以压缩比率为 (64*32/8) / 8 = 32
返回的结果如下，第一个向量同自己的距离为1.40704751，不是0。因为如上所述返回的是近似距离，但是整体上返回的最相似的top k的向量ID没有变化。
[[ 0 608 220 228]
[ 1 1063 277 617]
[ 2 46 114 304]
[ 3 791 527 316]
[ 4 159 288 393]]
[[ 1.40704751 6.19361687 6.34912491 6.35771513]
[ 1.49901485 5.66632462 5.94188499 6.29570007]
[ 1.63260388 6.04126883 6.18447495 6.26815748]
[ 1.5356375 6.33165455 6.64519501 6.86594009]
[ 1.46203303 6.5022912 6.62621975 6.63154221]]
简化索引的表达
通过上面IndexIVFFlat和IndexIVFPQ我们可以看到，他们的构造需要先提供另外一个index。类似的，faiss还提供pca、lsh等方法，有时候他们会组合使用。这样组合的对构造索引会比较麻烦，faiss提供了通过字符串表达的方式构造索引。
如，下面表达式就能表示上面的创建IndexIVFPQ的实例。
index = faiss.index_factory(d, "IVF100,PQ8")
这里有一点文档中没有提到的，通过查看c++代码，index_factory方法还有第三个参数，就是上面说的metric。可传入的就上面两种。
Index *index_factory (int d, const char *description_in, MetricType metric)
更多的组合实例可以看demo
每类索引的简写可查询Basic indexes
GPU使用
注意有些索引不支持GPU，哪些支持哪些不支持可查询Basic indexes
可通过faiss.get_num_gpus()查询有多少个gpu
ngpus = faiss.get_num_gpus()
print("number of GPUs:", ngpus)
使用gpu的完整示例。
1、使用一块gpu
# build a flat (CPU) index
index_flat = faiss.IndexFlatL2(d)
# make it into a gpu index
gpu_index_flat = faiss.index_cpu_to_gpu(res, 0, index_flat)
2、使用全部gpu
cpu_index = faiss.IndexFlatL2(d)
gpu_index = faiss.index_cpu_to_all_gpus(cpu_index) # build the index
gpu_index.add(xb) # add vectors to the index
print(gpu_index.ntotal)
k = 4 # we want to see 4 nearest neighbors
D, I = gpu_index.search(xq, k) # actual search
print(I[:5]) # neighbors of the 5 first queries
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
文章最后发布于: 2018-06-22 15:39:18
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