「blast2go」使用Blast2GO进行GO注释

blast2go

主要功能：

1将序列比对到NCBI的Nr数据库，得到Nr注释

2对核酸或蛋白质序列进行InterPro注释

3在得带Nr注释之后，通过Blast2GO数据库，将Nr注释结果转换为可信的GO注释;

。。

Blast2GO本地数据库的构建：

官方提供的数据库，速度非常慢，因此我们进行本地化Blast2GO数据库。

切换到新建的目录之后

$ wget http:/archive.geneontology.org/latest-full/go_201605-assocdb-data.gz

$ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz

$ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

$ wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmAPPing/idmapping.tb.gz

解压缩这4个数据库文件：

$ gzip -dv go_201605-assocdb-data.gz

$ gzip -dv gene_info.gz

$ gzip -dv gene2accession.gz

$ gzip -dv idmapping.tb.gz

(输入了$ gzip -dv idmapping.tb.gz之后，命令行会输出idmapping.tb.gz:

73.7% -- replaced with idmapping.tb，不太清楚这个是什么意思)

数据库安装：

$ tar zxf ~/software/local_b2g_db.tar.gz

$ mv local_b2g_db/* ./ && rm -rf local_b2g_db

$ ./install_blast2goDB.sh

执行该命令前，需要适当修改该文件的内容，例如修正4个数据文件的名称

---------------------------------------

----------例如我创建了一个数据库： create database lemon //创建名为lemon的数据库

等待了很长时间-------------------------------------没啥卵用。。。。。。